Program ini merupakan program utama LMMA Indonesia. Untuk mendukung program ini LMMA Indonesia memfasilitasi masyarakat untuk melakukan Pengelolaan Lokal Kawasan Laut (PLKL). Pelaksanaan PLKL disesuaikan dengan kebutuhan spesifik masyarakat, karakteristik daerah, dan ancaman yang dihadapinya.
Dengan melakukan PLKL, masyarakat mengalokasikan bagian tertentu dari laut mereka untuk pemulihan stok ikan (no-take zone) dan sumber daya lainnya di alam untuk dikelola secara berkelanjutan. Tanpa ekosistem laut yang sehat, komunitas pesisir tidak dapat mempertahankan sumber daya laut mereka untuk jangka panjang.
PLKL memperkuat hak fundamental masyarakat untuk mengakses, memanfaatkan, dan melindungi sumber daya alam demi kepentingan mereka sendiri. Memperkuat masyarakat untuk menentukan bagaimana sumber daya alam mereka dikelola dan bagaimana memperkuat praktik tradisional dalam pengelolaan dan perlindungan sumber daya laut seperti sasi, sasisen, sami, hawear, tiyatiki, atau tiyaitikete. Pendekatan PLKL membantu mempertahankan dan menghidupkan kembali tradisi ini, menggabungkannya dengan praktik konservasi modern.
Untuk mendukung program ini LMMA Indonesia memfasilitasi peningkatan kapasitas bagi pemerintah desa, lembaga adat, dan kelompok-kelompok di masyarakat dalam menyusun peraturan adat dan peraturan desa tentang Pengelolaan Sumber Daya Alam (PSDA) Darat, Pesisir dan Laut, pemetaan kawasan laut, penetapan kawasan sasi (no-take zone). Kegiatan lainnya untuk mendukung PLKL antara lain: penguatan kapasitas dalam penegakan peraturan dan monitoring kawasan laut, penyebarluasan dan sosialisasi peraturan desa tentang PSDA, pengumpulan data sosial-ekonomi, survei hasil tangkapan nelayan (CPUE) dan data biologi, serta kegiatan-kegiatan yang dirancang secara khusus untuk membangun ketahanan pangan dan adaptasi dampak perubahan iklim.